上海第九人民医院体检中心的前身“伯特利医院体检中心”创建于1921年。1952年更名为上海第九人民医院体检中心，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院体检中心，是一家三级甲等医院体检中心。2005年上海第二医科大学与上海交通大学正式合并，九院改名为上海交通大学医学院附属第九人民医院（以下简称“九院”）体检中心。2014年11月，经上海市人民政府同意，上海交通大学医学院附属第九人民医院体检中心与上海交通大学医学院附属第三人民医院（前身宝钢医院，属三级综合性医院）体检中心资源整合，统一布局，统一管理。